Program Studi Biologi di Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Udayana terbentuk melalui beberapa perkembangan. Pada tanggal 1 Juli 1984 ditetapkan Surat Keputusan Rektor Universitas Udayana nomor 613/ PT.17/ I.a 012/ 1984 tentang pembentukan Program Studi Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Udayana. Salah satu pertimbangan ditetapkannya SK Rektor UNUD tersebut adalah karena perlunya suatu lembaga yang khusus menangani ilmu – ilmu dasar. Disamping itu, disadari pula bahwa pembangunan dan kehidupan modern memerlukan ilmu – ilmu dasar yang kuat untuk menunjang ilmu – ilmu terapan. Berkaitan dengan hal – hal tersebut diatas, dibentuklah   embrio  Program   Studi Biologi   berdasarkan   Surat   Keputusan   Rektor Universitas Udayana nomor 325/ PT.17/ I.01.12/ 1985 pada tanggal 1 Mei 1985 dengan nama sub Program Studi Biologi yang dianggap sebagai jurusan pada Program Studi Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Udayana.

Selanjutnya pada tahun 1988, berkenaan dengan ditetapkannya Surat Keputusan Direktorat  Jenderal  Pendidikan  Tinggi  nomor  67/  Dikti/  Kep/  1988,  kedudukan  sub Program Studi Biologi berada dibawah Fakultas Peternakan Universitas Udayana. Salah satu pasal didalam Surat Keputusan tersebut menyatakan bahwa sub Program Studi Biologi Universitas Udayana adalah Program Sarjana (Strata 1 / S 1) yang pelaksanaannya dilakukan bekerjasama dengan Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Airlangga di Surabaya.

Pada tanggal 20 September 1989, Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi menetapkan Surat Keputusan nomor 91 / Dikti/ Kep/ 1989. Di dalam Surat Keputusan tersebut dinyatakan bahwa sub Program Studi Biologi ditetapkan sebagai Program Studi Biologi antar Fakultas di bawah Rektor dan masih tetap merupakan Program Strata 1 (S 1).

Selanjutnya, pada tanggal 15 Januari 1994, Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi menetapkan Surat Keputusan nomor 07/ Dikti/ Kep/ 1994. Di dalam Surat Keputusan tersebut dinyatakan bahwa pada Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Udayana, dibentuk Program Studi Biologi sebagai unsur pelaksana akademik di Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Udayana.  Program Studi Biologi yang dibentuk ini mewadahi Program Studi Biologi yang telah ditetapkan terlebih dahulu berdasarkan Surat Keputusan Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi nomor 91 / Dikti/ Kep/1989.